＞深基礎というのは土地や間取りや外構などからある程度予想つかないものなんでしょうか？

予想、、、というより、条件さえ明確であれば、キッチリ設計し、金額も出せます。
と、いうのは「技術的な見地」
設計事務所と設計契約をして、その上で設計を終わらせ、（例えば）工務店なんかに見積もり依頼する。。みたいな段取りだと、妙な追加が跡から発生する可能性は低くなります。
何もないところから、材料の選択、味付け、ご予算のイメージなど、ひとつづつ積み上げて、最終的に一つの会席御膳を作る・・・みたいなイメージですね。

しかしながら、あなた様は「ハウスメーカー」との契約で、こちらは、最初からある程度　松会席御膳5000円　みたいな感じで決まっていて、その中で、メインはお肉とお刺身どっちにしますか？同じ値段ですよ。みたいな感じで仕事を進めます。その時に、突然、メニューに無い山菜天ぷら（深基礎）を追加で、、、となると、そもそも想定していませんから、お値段出すのにやたら時間もかかる。

どちらのやり方も一長一短ですが、あなた様が決めたお店ですから、お店のルールに従うしか無いですね。

段差のある敷地や斜地の敷地などは、工事を行ってから想定外の事象が発生する場合があります。
工事に取り掛かる前から70万円も増額することを行ってくることは、先が不安になるます。
ハウスメーカーの営業マンはサラリーマンなので、施工担当者によって金額増加の伴う場合があると聴きます。
地元で信頼のおける地域工務店での施工をお勧めします。