写真を見て、わかる(想像される）範囲内で。。。

>1.何が原因なのか

見たところ、床のレベルと、基礎土間の天端のレベルとが、同じでは無いでしょうか？
また、写真2、3のように、裏面？の離れが少なく、かつ、高さが高くなっている。
普通の(少量の）雨ならば問題無くとも、多量の雨になると、そこは、裏の立ち上がり、建物の下端まわりとで、「水路」を形成しませんか？
つまり、数センチの水位で水が溜まっていることになります。
でも、この部分は、水を止める施工(コーキングなど）が無く、基礎の立ち上がりも無いため、床土間に浸水する。ということでないのか？と思います。

>2.またどうすればよいか
> アドバイスください(T＿T)

いまさら・・・と言えば、
基礎の「立ち上がり」をつけるべきで無かったか？と。
これとしても、立ち上がり高以上に水位が上がると、浸水します。
今からできること・・・とすれば、
コーキングをする。がとりあえずですが、完全ではありませんし、永久でもありません。
いつでも漏れてくるのか？台風などの時なのか？それにより変わると思いますが、
コーキングに加えて、裏の土間を少しはつり、水路を作って排水する。
または、その隙間に樋を作って、土間自体に水が流れないようにする。
室内部分の、土間コンをかさ上げする。(現状土間との縁が切れないようにしないと、剥離が発生します。し、厚さが薄くても、剥離しやすいと思われます。）
などでしょうか？
あまり頻繁に漏れてこないのであれば、床にすのこを敷くことでも、対処は可能かと？いずれにしても、初期の頃は、コンクリートの水分の為、土間には直接、物は置けないはずです。
同じように、土間では無く、床上げすることでも、対応は可能では無いでしょうか？

> 3.倉庫自体の問題でしょうか？

倉庫自体を確認しなければ、ジャッジはできません。あくまでも、写真を見る限り、本体の確認はできません。

2枚目の写真に写っている外壁の下の黒いスカートみたいなものが水切りだと思いますが、それは物置の商品の一部として組み込まれているのではないでしょうか？本来この水切りよりも下に来る基礎部分は水切りよりも引っ込んでいないといけません。なのに水切りからはみ出ているために基礎天端が雨を受けてしまいそのまま床下？に流れてしまうんでしょうね。
その辺はこの物置の組み立て説明書や設置の注意点などをメーカーが出していればそこを確認しましょう。組み立てをした業者さんはその辺の事前確認や組み立て前のものを見ないで基礎を作ってしまったんでしょうね。通常の外用の物置ですとこんな感じで問題はないので。

とはいえものはご自身で用意したとなれば、商品に関して正しく支持をできなかったという落ち度もありますから、まずはメーカーの説明書などをよく確認の上、こうなってるんだけれど間違えではないですか？と聞いてみては。商品に不備があるかはメーカーの方に聞いてみても良いかもしれませんが。