大変そうですね。
当家も、工務店様にですが賃貸併用住宅を建ててもらいました。

桃太郎様のように、あまり神経を使わずに設備関係まで充実した賃貸を作ろうとすると、積水であったりヘーベルといった有名どころのハウスメーカーのパッケージ的なプランでないと厳しいのかもしれないですね。

追加になるかならないかは、契約時に確認した仕様書といった付属書類に書いてある内容による、という事になります。そこで漏れている事項やあいまいな点は、メールやり取りの記録、打合せ議事録といったところから引っ張り出さないと後から何となく要求しても難しいでしょう。善意で多少対応してもらえる事もあるかもしれませんが。

契約内容（と仕様書等の内容）をご確認するしかないです。
契約時に一文入っていたなら、確実に追加負担です。

当方でも先方担当者が退職したり色々ありましたが、重要な設備はすべてメーカーの展示場やカタログで確認して全て、見積Noで指定したり、型番指定したりしました。建築関係者向けの工法などの書籍も数冊読み勉強して、ありがちな不良施工、手抜きが起こらないように予め「こうならないように」と連絡をしたり、工法や仕上げを指定したりしました。そういった事も口約束にならないよう、契約時の覚書や付属書類に盛り込みました。

指定が間違っていなくても、現場の「うっかり」で出てくる問題もあるかもですね。
なので、第三者機関のチェックを有償で入れたり、こちらのような場所で「よくある事故、不良施工」について勉強しています。

厳しいようですが、疲れてしまって、なんて仰っていると損をするだけですよ。
賃貸に入居するお客様のためにも、もう少し頑張ってみては如何でしょう。
おそらく、これからも「こんなはずでは」が色々出てくるかと思います。
それらに頑張って対応するしかなく、頑張っただけのものしか出来上がりません。
ローンを返していくにも長い苦労でしょうから、できるだけ満足できる内容で完成したいですね。