コンクリート打ち継ぎ部分に関しては要相談・手直し必要です。
このまま工事続行はできません。


土木建築会社ということですが、建物もこの会社でしょうか。基礎だけですか？

>コンクリート表面が荒れてポロポロと剥がれており、型枠の中にも貯まっております。素人考えでは、養生ミスによる過乾燥と硬化不足では？と心配です。剥がれた箇所は掃除をしてから立ち上げを打つとのことですが、強度や打継の接着が上手くいくのか不安でたまりません。
>写真の表面荒れの原因と、立ち上がり打継の最適な表面処理について急ぎ教えて下さい。

表面荒れの原因は、打設直後の雨が原因と考えられます。
見たところ、結構激しく降られたんじゃないでしょうか。かなりの部分で骨材が分離していますね。
過乾燥というよりも、雨で表面のセメント分が分離して固まらなかったというのが適当かと。

どのぐらい深くまで分離してる部分があるかによります。
ポロポロと取れる部分を取り除き綺麗にした後、専用のセメント材で埋めるてもらいましょう。

打ち継ぎ部分に関しては、写真にある状態ではダメです。
コンクリートの打ち継ぎに関する規定では、「表面をきれいにし、レイタインス等の脆弱部分を除去する」とされています。
今のままでは確実に規定を満たしていないため、清掃を実施してもらいましょう。

>なお、型枠設置後にかぶり厚不足の箇所を見つけたので指摘したところ、土間コンレベルから鉄筋を曲げて修復を行いました。内側に厚みを持たせてかぶり厚を確保しようかという案もあったのですが、コンクリートを打った後からの「曲げる」という行為は最適な方法だったのでしょうか？強度と将来的な鉄筋の腐食が心配です。

写真だけの判断になりますが、この鉄筋の曲がりはよくないかなと思います。
施工会社と相談です。

工事中に鉄筋が寄ってしまうことはよくあるのですが、その時の修正方法もきちんと明示されています。
「鉄筋の台直し」といって適切な直し方が求められます。
（すぐに正確な資料が出なくて申し訳ありません。）

この場合、内側にコンクリートを増やしてかぶり厚を確保するのが正解だったでしょう。
ただ、現状で極端に強度が低下するということはありません。

すいません、２分割になりました。

>現場に仮設水道なし(いまだ無し)

水場がなくても法律上は問題ないですが、やりずらいですね。
実際、水道の引き込み等の関係で仮設水道を設置できない時もあります。

>土間打設直後に雨→慌ててブルーシート保護

これは夕立にあったのでしょうか。
屋外での作業の為、完全に対策するのが難しいのが現状です。
土間の荒れをきちんと対策してくれるようであれば、慌ててブルーシート保護しただけでも良しとされてはどうでしょうか。

>翌日(15時間後)にはブルーシートを外して型枠作業開始

翌日に作業することはダメでしょう。
せめて中１日開けてくれれば。

>土間打ち2日後に立ち上がり打設を予定するもミキサー車の手配が出来ず延期
>そのまま放置(30度の炎天下で数日野ざらし、現在台風接近中)

手配できなくてよかったということになります。
むしろ２日後に立ち上がりを打設するというのは、住宅の基礎では考えられないです。
土間の初期養生不足です。

>ベタ基礎の土間部分が打たれ、数日後に立ち上がりの打設に入る段階です。地元の公共事業を数多く手掛ける土木建築会社なので、コンクリートの扱いはお手のものだろうと安心していたのですが…

建築業界の悪いところがモロに露見してます。
外から見ると公共事業と一般住宅は同じにみられがちですが、互いにノウハウ・必要技術が違うので別の業界と言ってもいいくらいです。
基礎を見ると、おそらく住宅基礎のノウハウがないと思われます。