写真で見る限りは、通常の施工に見えるのですが、
何か私の見落としている不安材料があるのでしょうか？

不安要素を詳しくお教えいただけると、回答の絞りができるのですが？

>・出窓など一部の箇所に壁が庇より出ている部分がある

これで良いとは言いません。もちろん、そうすべきとも言えません。
こうならざるを得ない。ということです。
妻側(水の流れ落ちる方向では無い、横面）であれば、寸法によりますが、そうも問題視しなくても良いか？と考えられます。
軒先側であれば、できれば1ｃｍから1．5ｃｍ位は、出したいところです。なんとかして・・・
施工業者と相談してください。

>・出窓の屋根と壁との接合部分が一部縁で覆われていない箇所がある

これは、おそらく通気層の為の隙間です。これを塞ぐことはおすすめできません。
このとき、コーキングや部材の端末などの施工がまずいと、サイディングの裏側に水を導いてしまいます。それは、写真ではわかりません、詳細に良く調べてみることが必要です。
　自分が「水」になった・・・つもりで、流れてきた・・・ここで、この部分で中に侵入を防がれる。あるいは、ここで、風が吹いただけで、吹き上げて水が入る。・・・など、検討して見てみてください。その結果を、業者と現地で相談することがおすすめです。
板金をちょっと立ち上げる。コーキングを少し盛り上げる。。。とかでも、充分に対応できる場合もあります。
ご健闘を祈ります。