>スノーダクトの屋根ですが、ダクトの一部に水が溜まっており業者に言ったところ、仕方ないと言われました。

３枚目の写真がそうであろうと思いますが、
ダクト、ドレン等は、どのような防水工法を採用しても、周辺の盛り上がりは起きて、周辺は水が溜まります。
今回の場合は、板金に穴を開けて、ドレンをつけます。
このドレンの周辺は、ドレン本体の耳部分の厚み、防水施工にかかわるテープ、コーキング等の厚み、板金そのものの重ねによって生じる厚み、それらが重なり合う場所です。当然、厚く、高くなるわけです。
ほかの部分は、最低限「板金１枚」で良いのです。そのため、ドレン周辺から少し離れた部分に水がたまり気味にならざるを得ません。
その辺はご理解をいただきたい部分だと思います。

>この状態で大丈夫なものなのでしょうか？

水が溜まっても良いようにするための施工の、副作用と言うことでしょうね。
水を溜まらないように・・・・限りなく少なくすることは、不可能ではありません。が、工期、各リスク、費用との相談と言うことでしょう。
それを追求するが故の弊害の方を心配します、私は。

> もらいサビや塗装が剥げている傷があったりします。
> 屋根を全部張り替えてほしいくらいですが、傷はタッチアップでいいんでしょうか？

大きさ、数によることではありますが、業者の注意・不注意にかかわらず、多少はあることだと思います。通常はタッチアップで対処する事例と思います。
ちなみに、全面張り替えは無理難題と思われます。し、再工事後も、ほぼ同じ状況であろうと推測します。

> 壁も白のガルバ使用で、もらいさびが多いです。拭けば薄くなりましたが
>壁のタッチアップは目立つのでしないほうがいいようなことを
>業者に言われました。
>もらいサビはどうするのがいいのでしょうか？

さびをもらった原因物が、長期間残っている？わけで無ければ、目くじら立てる必要は無いのでは？さしあたり拭いて薄くなるのであれば、時間の経過で、目立たなくなるのではと考えます。