>住んでから2階で寝ていると揺れていることに気づきました。
>旧宅は中央道にもっと近い位置にありましたが、鉄筋構造のためか揺れは全くありませんでした。
>木造だとこんなに揺れるのかと・・・へこんでいます。

3匹の子豚では、レンガの家が絶賛されています。
木の家は、だめなんでしょうか？
もしかして、これに近い「誤解」をされている気がします。

「鉄筋構造」を鉄筋コンクリート造と解釈させていただくと、
そもそもが、基本的なかんがえ方に違いがあります。
鉄筋コンクリートは、剛構造・・・大木（たいぼく）　とすれば、木造は柔構造（やなぎに雪折れなし）　と言うことになります。
ある意味、多少は揺れる構造と考えても良いのです。
もちろん揺れすぎはいけませんが、鉄筋コンクリートと比べて「揺れる」と言われても、「そもそも別物」としか答えは出ません。

ちなみに、剛構造が、必ずしも良いかと言うとそうとも言えません。
最近の「超高層建築」は、高層階はゆらゆらと揺れるように設計されているとか・・・・
それにより、崩れることはありません。
揺れるのがイヤ！と言うのであれば、致し方ない話ですが。

まず確認したいのは,家が揺れているのか,地盤自体が揺れているのかどちらでしょうか。
木造ということですが,どのような工法になっていますか。
古典的な木軸工法か,それとも,パネルタイプか,あるいはいわゆる2×4でしょうか。
それによって対策が異なってきます。

根太工法ということは,構造用合板などは使っておられないのでしょうかね。
仮に地盤ではなく,家の方に揺れの原因があるのであれば,家を剛構造に改修して改善を図ることができます。
具体的には,外壁を一旦剥がして,柱を全て構造用合板で固定します。
一種の2×4の構造と似た構造となります。
窓以外の壁を全て構造用合板で覆うと,家全体がティッシュペーパーの箱の様になって,容易には揺れない構造になります。
内壁を剥がして,同じように改修することもできますが,防火対策の面では,この場合は構造様合板ではなく,グラスボードなどの不燃材を使用する方が良いでしょう。
構造様合板やグラスボードを釘で固定する場合は,釘の種類や打ち込む数に規定があります。
2×4工法に詳しい業者であれば,そのあたりの情報には明るいと思います。
ただ,費用は相当掛かります。
将来的に,外壁の改修工事が必ず必要となりますので,その際にこの種の耐震補強工事を兼ねてされると良いかもしれません。

一般的に,家が原因で揺れる場合は横揺れになります。
グラグラと横に揺れます。
地盤が原因の場合は,下から突き上げるような感じで上下に揺れます。
のすのすさんのお宅はどちらでしょうか。

縦揺れですと,地盤が原因の可能性が高そうですね。
そうすると,今からできる対策はほとんど無いかもしれませんし,時が経てば自然に落ち着く可能性も低いと思われます。
一応,対処療法に過ぎませんが,エアベッドが数千円で売られており,これは程よく振動を吸収してくれるようです。
就寝中はエアベッドでかなり改善できるかもしれません。
アマゾンで「エアベッド」で検索すると多数ヒットしますので,検討されても良いかもあれません。
恐らく,分厚い程,振動収集率は高いように思います。

決して断定はしません。推測ですが、

今までの「鉄筋コンクリート」の住宅と、「木造住宅」との振動の違いに体がなれていない。と言うことではないでしょうか？
公の言うことが正しいとは決して言いませんが、
少なくとも、問題が　即、あるという見解ではないとすれば、
鉄筋コンクリートの時の振動の性格（特性？）と、木造の振動の性格との違いを体が違和感としてとらえているのでは？と感じます。
栃木様の言われるように、鉄筋コンクリートとて揺れないわけではありませんし、
木造イコール揺れて当たりまえでもありません。
その固有の振動の癖があると考えますが？いかがでしょうか。

水道管の新しい、古いで、振動が？と言うのは、いまいち、意図がわかりませんが、どのような経緯とお考えなのでしょうか？

45Nで地盤が揺れないというのははてなと思いました。
家の真下の地盤は硬くても,それを支える,さらに下の地盤が軟弱地盤ということもあり得ます。
特に関東地方は全域が深い火山倍の地層で構成されており,全域が軟弱地盤と言っても過言ではないので,揺れないということは無いと思います。
物理的なお話をしますと,慣性の法則というのがありまして,軟弱地盤の上にある物体は重いほど振動しにくいという性質があります。
それでRC造は木造よりもはるかに重量がありますので,振動しにくいということはあったと思います。
それが理由であるとすれば,今から取れる対策としては,家の基礎下に大量のコンクリートを流し込んで,土台の重量を大幅に増やすという方策が考えられます。
こうすれば,慣性の法則で揺れにくい家は出来上がるでしょう。
コンクリートの代わりに鉛の塊を置いても良いのですが,この様に土台の重量を増すと,今度は地盤沈下の恐れも出てきますので,現実にはお勧めできません。
やはり,対処療法に過ぎませんが,エアベッドを試してみられるのはいかがですか。
寝るときだけでも振動から開放されると,かなりストレスの軽減になるのではと思います。
アマゾンの回し者ではありませんが,国産の一例を貼っておきます。
ホームセンターでも特売しているかもしれません。
https://www.amazon.co.jp/YAMAZEN-%E3%82%AD%E3%83%A3%E3%83%B3%E3%83%91%E3%83%BC%E3%82%BA%E3%82%B3%E3%83%AC%E3%82%AF%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3-%E3%82%AF%E3%82%A4%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%82%A2%E3%83%99%E3%83%83%E3%83%89-QABI-003-BR/dp/B00HLXGTIG/ref=sr_1_5?dchild=1&hvadid=386557654311&hvdev=c&jp-ad-ap=0&keywords=%E5%B1%B1%E5%96%84+%E3%82%A8%E3%82%A2%E3%83%BC%E3%83%99%E3%83%83%E3%83%89&qid=1574213275&sr=8-5