>床下点検口がないと言われました。
>第三者の一級建築士が、建築した設計士と工務店に配管で不具合があった場合どうするのか問い詰めたら2人とも青くなったそうです。

床下点検口自体は、必ずしもつける必要はありません。
ただ、言われたように、配管を含め何某かの不具合に備えて、つけるのがあたりまえになっています。
私自身は、これをつけ忘れて、法的な制裁があるわけではないと認識しています。

>?中間検査では人通口のチェックはしないものなのか
>?第三者の一級建築士が人通口を作らないと法令違反と話しているが、
>人通口を作らなくても法令違反ではないと言う人もいて意見が違うのでどちらが正しいのか

各地の役所の考え方、対応によりますが、人通口としての「チェック」はないと考えます。
ただ、ここで何かのほかの法的なチェックをしなければならないとなったときに、床下なり天井なりの点検口がないことは、いずれにしても許されないこととなります。
確認出来ません。開けてください。・・・と、指示されるでしょうね。

>?後付けで人通口を作って基礎の強度は大丈夫なのか

厳密に言えば、多かれ少なかれ問題は生じます。
鉄筋を切断するわけですし、当初からならば入れるであろう補強筋も入りません。
後付けであれば、
見ていただき、助言をいただいた一級建築士さんにお願いして、影響の少ない所に開口するようにその場所、そして、補強すべきでしょうから、補強の方法規模を指導いただくことが、良いのではないでしょうか。

>?瑕疵担保責任保険の保証に影響はないのか、工事後再検査が必要なのか
>よろしくお願いいたします。

一級建築士さんのお墨付きで「補強」工事がされて、それが認められれば、影響は最低限で済むと考えますが、いかがでしょう？
再検査は、「人通口」そのものの検査は存在しないと考えます。
付随する(それが原因で検査できなかった件）検査により、再検査の要不要が変わると思われます。
アドバイスをいただいた一級建築士さんが、人通口設置、補強の工事の再検査を要求する可能性はあると思います。

別の角度から見ると、人通口は決して人の為だけではなく、床下の空気の循環にも寄与しています。
床下の環境の為には、無いわけにはいかない。と言うことになります。
ただ、人通口の無い基礎により分けられた各ブロックが、それぞれ、床下通気に問題が無い状況であれば、床下の点検に支障が無ければそれはそれで良いかもしれないですね。