乾燥すれば,カビは活動を停止しますが,死滅するわけではありません。
湿度が高い時期には再び活動を開始しますので,そのまま使用するのは感心しません。
その角材を使用されたいということであれば,塩素系漂白剤に漬けるか塗るかして,一旦殺菌してから使用されると良いでしょう。
黒い色も白くなります。
漂白剤の原液に漬けて,しばらく放置して,その後は十分に水洗いして,また十分に乾燥させてから使用されると良いと思います。
塩素ガスが発生しますので,屋外で作業されると良いでしょう。

>写真の様な亀裂が12本分入っていました。原因はなんでしょうか？

乾燥による割れ・・・と考えます。
最近の木材は、昔のように「大径木」がありませんので、「芯持ち材」が多いため、
否応も無くこうなる場合が多いです。

>亀裂の入った角材を使用しても問題ないもんなんでしょうか？

　
通常のスパンで、通常のピッチで使う限りは、問題はありません。
大工さんなどに、聞いてください。現場に合わせた、スパン、ピッチの目安を教えてくれるでしょう。

>もっと、割れてきますか？

おそらくは、それほど変わらないと思います。
売買されている(おそらく、ホームセンターなどで）木材は、人工乾燥材であると思われます。これ以上は、極端には変わらないと思います。

>天井裏に敷いて、コンパネをのせる予定です。屋根裏収納なので荷物も置きますし、人の体重にも耐えられるでましょうか？

大工さんに相談して、乗せるものの重さなど似合わせたスパン、ピッチで作られていれば、問題は皆無と思います。

>建築現場等、こんな亀裂のが入ったりしないんでしょうか？

多かれ少なかれ、あることです。現場では、たくさんの材料を用意してますので、
適材適所、選んで使っているだけです。
この程度のものは、「見え掛かり」には使いませんが、下地材など、見えなくなる部分には、使用していますね。使えない。と、廃棄するほどのものではありません。