本当に当たり前なんですが、床なりの原因がなんなのかなんですよね。その記載がないということは説明がなかったのか、原因がわからず作業をしたのではと思いました。
ぼくの場合、床なりは「鳴り」と「きしみ」に分けて考えます。なりは極端だと「キュッ」というふうになります。対してきしみは「ミシミシ」という感じです。鳴りの場合は簡単にいうとどこかに隙間があってフローリングが動いているからなるわけでその隙間をくっつければ大抵止まります。一階の床でしたら床下から鋼製束を調整することで直る場合がほとんどです。この時にくっつけるんだから上げて締める作業をする方が多いんんですが、逆に上がり過ぎていて隙間ができてる場合もあるので、逆に緩める作業が必要なこともあります。まずこの作業をやっているか。二階の場合は床下がないので点検や作業が極端に難しく、上からビスという発想も分からなくはありません。その判断が正しいかどうかは別として。
きしみの場合は隙間に加えて、木と木の擦れや割れ、接着不良など可能性が複雑化するのでまた難しい問題となります。擦れの場合、場所にもよりますが、壁際やフローリング同士の継ぎ目にカッターを入れると良くなることが多いです。ぼくの経験だとそれ以外は「様子みる」か「張り替える」意外に想像がつきません。が、「様子みる」場合、二年で落ち着くとは限らず乾燥はもっと5年くらいは進むんじゃないかなと思います。逆にビスドメで止まってもその後の動きによって再発する可能性もゼロではありません。
大工がフローリングを貼る際に打つ釘の角度がゆる過ぎて軋みが多発したことが昔ありましたが、そこは全面張り替えました。施工もお客様も大変でした。何にせよ、原因ははっきりさせないといけません。そこが難しいんですけどね。

お察しします。うまくお話が進むといいですね。大工さんの貼り方は１可能性であって色々と確認をしないといけません。張り替える場合でもその原因は必要ですから、例えば大工を変えて貼らせてみるなど。
それから材料の可能性も捨てきれないので、その高m店で同じフローリングを使って同じような症状が出ているのか？（出ていてもお客様が気にしていない可能性もあり。）それからそのフローリングのメーカーに同じような症状が出ていないか確認することも必要だと思います。きしみ具合にもよりますが、その材料の特性だったりします。希ですが、無添加材料だったりするとそういうもんですという可能性もあります。
それから場所的な違いがあるかどうかなど、ヒントになるかもしれません。全部がきしむのか特定の部屋だけなのか、など。

張り替えて良くなれば良いのですが、床って大抵が一番はじめの方に貼っているので、作業としては大変です。これは職人さんだけではなくて、お住まいの方にとっても荷物の移動や数日部屋が使用できない、ホコリなどストレスになります。最終手段でしょうね。そこまでやるからには、確実に治る根拠を集めたいところです。