詳細な状況が把握できませんので断言できませんが、床下は常に乾燥状態に保持しておくことが必須です。
一度水に浸ると、様々な不純物が混入している事が推察されます。
それがカビの要因になる場合も推測されます。

床を剥がすか否かは、土台や床下の木材の乾燥状態しだいとも云えます。
木材の含水量測定器で床下の木材が15％以下になっていて、床下の地盤面が乾いていれば、何もしなくとも大丈夫です。

そのようになっていない場合は、床下を乾燥させるための作業が必須となります。
場合によっては床を剥がすことも在り得ると思われます。

床下全体が乾燥させしていれば、カビも出ず、木材の腐食もありません。