単に「窓」でも、アルミサッシ、樹脂サッシ・・・・メーカーによる微妙な寸法や納まりの差があるのですが？

5mm　ということですので、「幕板」に干渉する「窓下枠」を5ｍｍパッキンを挟んで(サッシ本体を動かすわけでは無く）上がりませんか？その程度の差で、納まりが悪い「サッシ」も、そうは無いと思うのですが？

そもそもが、クロスのひび割れに対処するのに「幕板の取付」まで必要でしょうか？

失礼に聞こえたら申し訳ありません。そのような意図はありません。
施工される業者さんと良く煮詰めてください。現場の方の考え方が一番だと思います。