木造住宅の土間をコンクリートでベタ基礎にする事には、床下環境の維持管理上でとても有意義なことです。
車庫と繋がっているとの事ですが、相応の理由があるものと思われます。

本文面からは、構造的な問題を伺い知ることはできません。
地域的な条例に抵触しない限り、法的な課題はないと推察できます。