>建築のプロが単純な配置ミスを起こすようなことが理解出来ません。
>現場監督が気付かなかったとしても、
>建築過程で第二、第三者がチェックするような過程は無いのでしょうか？

施工者側は、なんと言っているのでしょう？

敷地の条件・状況がいまいち不明ですが、
敷地の境界は確定されているのでしょうか？
確実に「境界石」があり、それを確認しての、今回の件であれば、おかしいと言うことは言えるでしょう。
あまり考えられませんが、登記上の土地形状と実際の寸法が多少の相違をしている場合もあります。
それとても、３ｍのずれは、通常であれば無いと思いますが・・・

実際に施工の直前？にでも、あるいは、図面化後に、法規的な制約によってでも、配置をずらさざるを得なくなったような経緯はありますでしょうか？
たとえば、北海道などですと、隣地との離れをとらなければ、落雪により隣家に迷惑を掛けます。これを懸念し？離れを条例で制限している所もあります。
この関係だと、場合によると「ｍ」単位のずれもあることです。

単純なミスも、無いわけではないでしょうね。
図面の数字の読み間違い、営業職から現業職への伝達のミス・・も重なれば・・・

チェックの機会は、基礎が完成したら、まず、少ないでしょうね。
最後に、自社検査で見つかる。役所の完了検査で見つかる・・・などでしょう。

>手間に一本柱があり、そこから寸法を取らなければならないのに、
>奥の壁から寸法を取ったために全体的に移動してしまったとのことでした。

　つまり、単純なミス、図面の見間違いのようですね。
あとは、ｎｔ６８さまのお気持ちを理解してもらい、どこまで施工者に譲歩を引き出すか？だとしか言い様はないかもしれません。