「新築なのに・・・・」というあたりで、ショックなのは充分理解できますが、結果から申し上げると、ほぼ何も影響ないかと思います。

土台についている点々の穴は防腐剤を木に注入するための傷（あえてつけています）で、雨だれとおっしゃっているのは、その薬剤が染み出たものかと思います（木から松やにが出てくるようなものですね）。

土台の役目は、柱を受け止める物で、極端なお話、柱の直下部分が健全であれば大丈夫です（他にも役割はありますが、、）。

既にここまで出来上がっていますから、気分だけの問題で、傷の部分を埋め木しても、あまり意味は無いです。ましてや、窓を一回はずして土台を取り換えるというのは、その行為によるダメージの方が大きいので止めた方がいいと思いますよ。

気持ち悪いようであれば、その部分・周辺に防腐剤を塗ってもらってください。

無論、工務店さんには少々、お小言付きで構いません。
（喧嘩ではなくお小言という事で）