リフォームで垂れ壁を取り去るということでしょうか。
垂れ壁自体がその幅にもよりますが,耐震性能に加算される場合がありますので,関係が無いとは言えません。
通し柱の穴以前の問題です。
構造計算の専門家に確認するのがベストでしょう。

構造計算は専門業者が扱うのが普通だと思います。
料金は発生します。
耐震性を重視されるなら有料でもお勧めします。
木造では二階建てまでは構造計算は義務づけられていませんので,大工さんや工務店は経験でこなしているのが現状かと思います。
その結果,耐震性を無視した物件は結構見ます。
リフォームも使い勝手や見てくれを優先すると耐震性の面では?となるものが見受けられます。