施工前から少し黴びている材を使ってしまったとかもあるかもしれませんが、新築後にカビてきた可能性が高そうですね。

内側基礎断熱にされているように見えます。その場合、基礎面に自然換気口をつけると断熱の意味が乏しくなってくるので、外気は遮断して基礎内で機械換気したり、除湿機を置いたりして湿気を除いたり、空気が流れるようにしてカビが生えにくいようにします。
新築の基礎コンクリートからはかなり水分が出てきますし、床の木材が腐ってきたりしたら居住に影響も出てきます。カビ自体体に悪いです。

私の家は、床ガラリから居室内の空気を引き込んで床下にまわし、最終的に排気ダクトから湿気とともに排気するようにしており、床下にカビは生えていません。
対策方法は色々あるかと思いますが、何も対策されておらずカビが増え続ける設計であれば、私は欠陥だと思います。
「梅雨時だけですよ、コンクリートからの水分も二年くらいで落ち着きますから、様子を見てください。カビもそのうち消えるでしょう」という説明だとしたら、不誠実だと私は思います。

上棟後に雨の中濡らして作業したか、養生せずに濡らしたのにそのまま上から貼ったか、でしょうね。

こんな欠陥住宅買ったら人生終わります。

十数年前、ある宗教施設の「護摩壇」が床ごと陥没する事案が有りました。
床下の大引き梁が腐食し重量に耐えられず折れていました。

この原因は、
1、裏山からの湧き水が地表面の近くを流れていた。
2．床下の防湿施工(ポリフィルム敷き、など）がされていなかった。
事などと考えられ、
　外周の基礎にある程度の大きさの開口をし、「送風機」をかけて換気をしました。これにより、床下が目に見えて乾燥し、床下のジメジメ感が減りました。
　裏山から布基礎までの間の土を基礎深さ程度、砕石に入れ替えました。
これにより地下水位が基礎より深くになりました。
　床組みを交換修繕する過程で、地盤にポリフィルムを敷き込み、火山灰を敷きこみました。これにより、地盤からの新たな湿気の影響は防げたと考えます。

　今回の事例が、どこまで共通するか不明ですが、
住宅が建っている場所、全体的に地下水位が高いか、低いか？
敷地表面に常に水があるような(ジメジメしているとか）状況では無いか？
床下の地盤にポリフィルム等の防湿処置があるか？
確認すべきと考えます。
その後、状況に応じてですが、「強制的換気」「地下水位を下げる」「床下の防湿施工」を行うことが必要と考えます。