まず、他の工務店に頼んだら保証が切れたりとか、そういう契約で建てていないか、当初の契約書を確認することをお勧めします。
（建築したハウスメーカーで定期メンテしないと保証が切れるというのはよくあります）

他には、特に建築業者様に義理を感じる必要などはありません。
リフォーム業者さんを探すのに注意するべきは、業者さんのレベルが本当にピンキリであるという事です。注文を取るだけで、ほとんど何もわかっていない業者さんもあります。内装のこと以外はよくわからない、という業者さんも多いようです（）。

大掛かりな内容であれば、最低限、新築ができる会社さんであり、かつリフォームもやっているという業態の所を探すのが良いと思います。

あとは、リフォーム案件ごと、必ず２社以上で相見積もりを取るというのが、条件のうえでも、ご自分の住宅への理解を深めるうえでも良いと思います。

また予め、建築した工務店様から、設計資料各種、特に配管や電気関係の図面をもらっていたか、よく確認しておくと良いと思います。

基本的な事で言うと、emu　様の言うように、施工業者に義理立ては必要ないと思います。
ただ、ここで、

>しかし今後、壁の塗り替えなどで不安があります。
>無添加住宅という素材を扱って建ててもらったのですが、オリジナル漆喰や石屋根などどこでも持っている材料ではありません。

これが、他の業者が触れることの出来ない分野の物である。場合は、他の業者には、入手も施工も困難と言う可能性があると言うことです。
問題の部分をすべて撤去し、新しく別の物で？という動きしか出来ないわけです。
（おそらく、そこまで限定的ではないと想像します）
築１０年と言うことですから、各種の（施工者が責任を持つ）保証も切れているでしょう。
「道義的な責任」以上の事は、あまり期待できません。し、お気に入りの業者に変えることは、それほどリスクが大きいわけでもないと、想像します。

規模の小さい工務店さんから探すときのコツで一つ思ったのは、経営的に長く続きそうであり、しっかりした後継ぎがおられることが重要かもしれません。

結構、評判の良い工務店だけれど老社長が一人で引っ張っていて、といった会社さんだと、今回のリフォームは良かったけど、５年後には廃業されていてまた１から業者さん探しとなったりします。

エコ素材などについては、調達はできてもそんなの見た事も触ったこともないという不慣れからくる施工上の事故も考えられますので、選択肢があるのであれば似たような指向の住宅に取り組まれている工務店さんを選ぶに越したことはないのではと思いました。

無添加住宅のオリジナル漆喰や石屋根は基本的に無添加住宅に登録している工務店、施工業者でないと取引してくれないと思います。無添加住宅の認定がある家なのか、無添加住宅の材料を一部使ってるだけなのかにも多少違いますが、結構独自のメンテナンス方法がマニュアルとしてあったりもするので、東京であれば無添加住宅の本部に近くの登録工務店を紹介してもらうのが一番良いと思います。

せっかくの無添加の家ですから、ぼく個人的には無添加住宅の登録施工店にいじってもらうのが最低限必要だと思います。「自然素材」とうたっていても知識なく化学物質を使っている業者はいますし、自然素材だから無添加でもないので。東京県内だと数社あると思います。
あとは登録施工店の中でも、よく施工している、登録しているけど実績は少ない、新築だけしている、新築経験がない、など様々なので紹介された後も本部のアドバイスを仰ぐと色々相談に乗ってくれると思いますよ。