最近は無いと思いますが、構造用の木材に「乾燥材」を使っていない。場合は、確実に床鳴りすると思われます。が、これではないでしょう。

次に、「床暖房」の場合は、通常の部分以上に乾燥が進み、また、それが他の部分との差が大きいために、床鳴りには厳しい環境と思われます。
構造用の木材に限らず、フロアあるいは合板、表面材、化粧材すべてに言える事となります。

ちなみに、これを、「鳴るようになるかも？」は言えますが、鳴る。とは限定出来ませんし、「鳴りづらく」は、いろいろと対策は出来ますが、確実に防ぐ。とは言い切れない事案と考えます。
業者として、ああ、やっぱり出たか！という、心当たりがあることなら、ともかくも、
やるだけやってるのに・・・と言う場合は、「有償で直します」というかもしれません。(業者の質の違いもありますが）　

床暖の使用方法とか、温度設定などで、出づらくする事も可能な場合もあります。
また、乾燥が落ち着けば、音も落ち着く可能性もあることです。
有償とは言え、適当なタイミングで直して、それで音が落ち着く可能性もあります。

様子見も含めて、業者とよく相談されることをおすすめしておきます。　

まず、フローリーグメーカーが床鳴りを保証しているかどうか確認して下さい。フローリングのメーカーや商品名で分かります。例えば無垢フローリングなど、床暖房の場合には保証対象外の場合があります。フローリングメーカーの保証がある場合、フローリングが原因なのかどうかを調査してくれると思います。フローリングが原因じゃない場合は、建てた会社が床鳴りを保証しているのかどうか？口頭ではなく、契約書やアフター基準書などで確認して下さい。ここでもはっきりとした記載がなければ、床鳴りは保証対象外の会社ってなると思います。でも、今時こんな対応悪いとすぐに口コミなど広まってしまうので珍しいと思います。初期の施工不備などの可能性もあるのだからせめて調査にはきて欲しいですよね。

あとは個人的には床鳴りと床の軋みで分けて考えます。キュッキュッとなるのか、キシキシっと軋むのか。キュッキュッの場合は床下に潜って鋼製束を調整すれば直る可能性もあります。壁や間柱に擦れて鳴ってる事もありますし、フローリングのサネ同士でなってる事も。カッター一本で直る事もあったり、見てみないと本当はわからないんですがね。上からビスっていうのは最終手段だと思います。

原因と音の程度にもよるんですが、乾燥収縮が原因だと思われる場合は、本当は2-3年待ってから直すのが良いと思います。仮にビスを打って浮いてる箇所を直しても他が浮いてくるかもしれません。

>床鳴り補修依頼の前に、業者の営業マン（お金の横領で退社した）から・・・・その他にもいっぱいあるのですが…

彼(営業マン）だけの問題なのか？会社自体が「？」な会社なのか？わかりませんが、その手の会社である可能性を否定しません。

>１階リビングを水平器で平行ではなく測っても１.2°とかでてきます。

この事例を拡大解釈すれば、その程度のスキルの会社ということも、否定できません。
　どうしても、無料、もしくは少しでも安価での修繕を考えるのであればともかく、早々に他の信頼するにたる業者を探す方が精神衛生上良いかもしれません。

>床暖の温度設定で床鳴りが出づらくする温度は約何℃なんでしょうか？

各 家により、床暖のシステム構成により、使用機種、規模により、おそらく最適なデータはないと思います。
あなたの家のオリジナルの使い方なり、設定を「試行錯誤」せざるを得ないと思われます。

現場監督Ａ　様のいわれている事に、賛同します。
床の鳴りときしみの違いは、あります。
乾燥収縮であるとすれば、落ち着く為の数年が必要なのは、私も同意です。
早過ぎると、キズをかきむしって悪化させるようなもので、「いじり壊す」原因です。

>信頼する業者選びなんですが、参考までにどのような風に選んだらいいですか？選ぶポイントがあれば幸いです。

大きい会社だから良いわけではありません。もちろんその逆も。
有名な会社だから良いわけでもありません。
とりあえず、周辺の、知り合いの、なるべく多くの、
同じような仕事を頼んだ方々の「口コミ」を聞くことだと思います。
これが、良くも悪くも、大きい影響力を持つでしょう。
それと同時に、いろいろと打合せする中で、ご自分が「信頼」出来る方に・・・
という、抽象的過ぎることしか言えません。
所詮は「人間」の対応、人間の仕事なんです。

>> 床鳴りの音ですがキシキシやバキバキという音が多いです。２、３年待った方がいいでしょうか？

原因によるのでなんとも言えません。乾燥収縮が原因ならということです。

>> 信頼する業者選びなんですが、参考までにどのような風に選んだらいいですか？選ぶポイントがあれば幸いです。

本当に難しいところですが、基本的に同じ住所で最低でも5年以上、できればもっと長く営業を続けているところかが良いと思います。会社ができて数年だったり、ころころ所在地が変わっているところは必ずではないですが、リスクが高いと思います。あと、個人的に思うのは新築とリフォーム両方にある程度の規模で対応しているところが良いと思います。