木材は一般的に人工乾燥を行い含水量15％前後で工事現場に搬入されています。
また人口乾燥を嫌い、自然乾燥で数年間、桟積み（桟木で風通しを良くする）する方法があります。
木材が生木を製材した時点で現水量は30％に及びます。
昔の大工さんは、この生木で刻んで建て込み、収縮の狂いで結合部分の剛性を高める工夫をしました。

昨今は、新建材を使用するため、収縮の少ない乾燥木材を使用しています。
本件は、木材の保管中に問題があったように思われます。
写真では、表面カビだけに見えますので自然と消滅することでしょう。

この部材は躯体部分なので瑕疵担保責任の対象となります。
このカビが要因で問題が発生した場合の法的責任は、施工者側にあります。
その旨を把握しておくべきでしょう。
現況で問題が生ずる不安は少ないと思われます。