mastamkさま、
止水板の仕上がりの美観的問題を別にして、外壁が45°斜めになっている部分の屋根の収まりと雨だれを受けるためやむなくやった処置と思われます。
　また、外壁の美観についても、サイディングのカットが難しい部分でもあり、写真では間違いなのか許容すべきなのか、判断ができませんでした。
ただし、雨水を雨樋にしっかり受けているか確認が必要です。
それと、変則な部分だけに、風が付いた強い雨で外壁内に雨水が吹き込みやすい部分でもありますので、下張りシートが適切に施工されているのか施工途中の写真で確認しましょう。

雨後にサイディングにシミが付いたり、土台水切りに雨水が流れ出たりしていないか点検して下さい。

美観的問題が大きく、適切なアドバイスが出来ずすみません。
他のアドバイザーの意見も参考にしてください。

水返しとかキャントとか呼ばれる部位です。「無くても」出来ますが、数年経つと間違いなく外壁に雨染みが黒く出てきます。簡単に済まそうと思えば無いままで作ってある家はそこら中にありますが、一生懸命、後々のメンテナンス、建物の寿命の事を考えて対応している、むしろ私は好感がもてました。

美しいか美しくないかは主観の問題で、白黒はっきりするような問題ではありませんが、工務店さんにしてみれば、「一生懸命やったに・・・」と、ちょっと残念がっているかもしれませんね。