構造の専門ではありませんので強度的にどうなのかについて申し上げることはできません。
基礎や土台全体の写真がありますと,専門の方からの良い回答があると思います。
一応,見た目的にはちょっとどうかなと思いました。
基礎の寸法に多少の誤差があり,写真の部分にしわ寄せがきたのかもしれません。
あくまでも見た目を改善するための方便ですが次のような方法が考えられます。
適当な厚みのコンクリート板を用意して現物合わせで切断して既存の基礎とコンクリート用の接着剤で貼り付けて土台との厚みを合わせます。
外壁と干渉しないようであれば,出来上がりが土台よりも太くなってもいいでしょう。
コンクリート板は基礎のベースから立ち上げて,土台との隙間ができるようであれば,そこはモルタルを充填しておきます。
また,継ぎ目が気になる場合は,既存の基礎とコンクリート板の表面をモルタルで化粧して覆ってやります。
このようにすれば見かけは太い立派な基礎の上に土台が乗っているように見えます。
丁寧に作業すれば強度的にもプラスに働くと思います。
DIYでは難しいので,HMに「これでは見た目が情けないので,上記の方法で改善してくれませんか。」と交渉してみてはいかがでしょうか。
もっとも,全体の写真によっては,構造的,耐震性の面で根本的に改善が必要な場合があることを指摘されるかもしれません。
写真の部分だけを拝見しますと,少々頼りない印象を受けました。