>・密着工法から通気工法にする場合、問題なければそのまま施工するものですか？それともそもそも既存部を剥がして下地を処理するものでしょうか？(発注書には一色とあります)

既存防水を無理に剥がして次の防水層を作る・・・何か、必要が無ければそうはあまりしないと思います。

>・手すりの土台に複数穴があっても問題はありませんか？

穴を気にされてますが、「穴に見える」だけで、表面の塗装がちょうど「穴」になって見える。あるいは、防水層の表面にあった「泡」部分に塗装が入ってない。と言うことです。防水層に問題は無いと推測できます。

>・屋上から外壁に広範囲に垂れる物は何でしょう？問題ないものでしょうか？以上よろしくお願い申し上げます。

プライマーとか、防水剤のたれ・・・とかと推測します。
問題は無いと、考えます。

写真だけからの推測になりますが、既存も新設も塗膜防水のように見えます。防水の種類は見積書に明記されてると思います。見積の内容にもよりますが、例えば、ウレタンの塗膜防水で通気工法だと、平場は緩衝シートや立上りもメッシュなどを入れてトップも入れれば最低3回は塗るので、写真の感じだと下地を結構拾っていて、ぼくの知る工法だとこんな仕上がりになる工法を知りません。既存の防水も塗膜だと完全に撤去できないですが最低でも清掃した後に凹凸を均す作業は入るのかなと。そうしないと緩衝シートや防水層を痛める可能性があるからです。

> ・密着工法から通気工法にする場合、問題なければそのまま施工するものですか？それともそもそも既存部を剥がして下地を処理するものでしょうか？(発注書には一色とあります)

上記のような下地作業は極力省略された可能性はあると思います。それでも防水工事の保証があれば良いのですが。。

>・手すりの土台に複数穴があっても問題はありませんか？

ウレタン塗膜防水だとすると問題ありです。その穴から出た水シミのようなものが見えますが、本当に水シミなら下に水が入っていると言うことなので、防水工事の意味をなしていません。その辺の詳細をよく確認してください。

>・屋上から外壁に広範囲に垂れる物は何でしょう？問題ないものでしょうか？

外壁の塗装などはやっていないと言うことですかね。プライマー塗布時の養生不足でしょうか。

>予定より屋上が剥がれたので追加料金を要求しています。

下地撤去費用に数量やその目安がなければ言いたい放題になってしまうと思うので払う必要はなさそうですが、記載があれば差額分は支払うべきかと。ただ、支払うとしても完了後じゃなくて序盤の撤去工事の際にそう言った相談があって然るべきだとは思いますが。

個人的にはこういった下地の劣化がひどい場合、シート防水をお勧めするんですが、予算の具合で色々と切り詰めた内容にしたのですかね。その辺で工事内容が変わってくると思うので、防水工事の工法は色々ありますし「普通どうやる？」というように一括りにはできないと思います。あとは保証の内容です。

一つ書き忘れが。通気工法ならば脱気筒があるはずです。

多くは鉄骨の場合、新築時はシート防水の上に保護モルタルを乗っけている状態が多いのですが、もしかしたら前回遥か昔に一度、下地処理した上で上から塗膜防水をしているのかもしれません。今回また同じような施工をしたようですが、下地処理が手薄だったということなのかもしれませんね。