確認ですが,換気システムは第三種ですか?それともダクト方式の第一種ですか?
キッチンは一階にありますか?それとも二階ですか?
二階の換気システムから臭いが充満するというのは,壁に給気口が付いていてそこから臭いが入ってくるという意味ですか?
それとも二階の部屋の恐らくは天井あたりに設置された給気ダクトから臭いが充満するという意味ですか?

第一種換気システムということで状況が飲み込めました。
レンジフードファンの排気口と換気システムの給気口(排気口ではなく)が隣接しており,ショートサーキットを起こしているという理解でよろしいでしょうか。
福地さんのご提案も現実的で簡単で良いのですが,これで問題の解決になるかどうかは,状況により思い通りにはならない可能性があると思いました。
換気システムの基本として,排気口と給気口はできるだけ離して設置するというのは基本中の基本となっていますので,吹き出し口の加工やセパレーターで解決するのは本来の姿では無いように思います。
仮に,メーカーに提案すれば,それは比較的簡単な施行で完了しますので,メーカーは喜んでやってくれると思いますが,それで解決しないときに,さらに改善工事を依頼しにくくなる恐れはないでしょうか。
この際,その方法については触れずに,設計図通り,排気口と給気口をできるだけ離して施行して欲しいと強く要求する方が良いと思います。
この点について,法的な扱いは良く分かりませんが,設計図通りに施行を要求するのは間違っていないはずです。
ただ,現実にそれが可能かどうか,簡単な工事でできるのかどうかは現場を見ないと何とも申し上げられないというのが正直なところです。
しかし,それは施行業者が考えることなので,悪臭で困っているので,排気口と給気口の位置については設計図通りの配置に直して下さいと主張することをお勧めします。

設計図通りに施行した場合,どの程度臭いの問題が改善されるかはやってみないと分からない面はあると思います。
事前にできる実験としては,臭いの強い料理をしている時に,本来の給気口のあたりに実際に行ってそこに頭(鼻)を持って行って,その場所でどの程度の臭いがするかを確認されると間違いないでしょう。
その状態でも臭いがきついようであれば,別の方法を考える必要があるかもしれません。
できれば,全く異なる方向に給気口を設置できれば良いのですが,構造的にできるかどうかは分かりません。
屋内に配管するのが難しい場合は外に給気用の煙突かダクトを設置するという方法も考えられます。
見かけ良く設置するのには工夫がいるかもしれません。