基礎パッキンとは床下の通気を促し、床下を乾燥状態にするために設置します。
床下が400?あれば乾燥を促す事は可能です。
現在の基礎パッキンの配置で大丈夫だと思われます。

言葉と解釈が錯綜しているようですね。

まず、基礎断熱or床断熱なのか？
基礎断熱とは基礎の外若しくは上側に板状の断熱材を貼って（打ち込んで）行う断熱
床断熱は1階の床に充填系（グラスウールなど）の断熱を施す工法です

パッキンも言葉の使い方ですが、単に土台の水平調整の為に土台と基礎天端の間に板状の物を挟み込んでいる事もパッキンですし、通気パッキン工法と言って、段ボールの固いような物を外壁側土台下に施す工法も、まぁ、、パッキンと言います。

工務店さんのおっしゃっている外貼り断熱とは、外壁の事と推測します

基礎断熱の場合は、通気パッキンが不要ですので、いわゆるパッキンだけの場合もあろうかと思いますし、機能的には全周に施さなくとも構造的な問題はありません。ＴＡＫＡ５５４Ｃ さんのお宅は、このパターンでは無いかと推測します。

ただ、いづれにしても、アリの侵入を完全に防ぐ工法は、なかなか無いです。木造ではない鉄筋コンクリート造の家でも蟻は入ってきます（無論、レアケースですが）

パッキンが全周に入っていなかった、、、そして、結果としてその隙間から蟻が浸入していたとしても、「蟻が浸入したのはパッキンをまばらに施工したからだ」とは言いにくいと思います。