＞スキトリ前にした調査結果は有効か？

ご質問の意味が解りかねますが。。。

地盤調査報告書で、ベタ基礎が適当となった上で、ベタ基礎で施工されているのであれば、報告書は有効（というか、報告書の結果に基づいて）でしょう。ベタ基礎自体が不安なのであれば、報告書の有効性より、設計に疑義を申し立てるべきではないでしょうか？

地盤報告書で要地盤改良なのに、何もしていない。。。なら設計に問題ありですが。

＞有事の際に補償は受けられるのか？

工務店さんによっては、不同沈下の場合の地盤保証をつけているケースがありますが、これは、個々の契約なので、あなた様の契約内容は判りかねます。また、地盤保証が無くとも、築後10年以内程度に、大きく不同沈下した場合は、「重大な瑕疵」として、原則対応いただけるはずなのですが、この辺りに関して、結構、揉め事は多いですね。

＞このような相談をどこにすればよいですか？

あなた様が信頼して契約した設計事務所さんなり、工務店さんなり、メーカーさんでは無いでしょうか？それとも、最初から信頼できない相手と契約したのでしょうか？

色々とご質問を寄せられているようですが、我々は現場も見ず、設計内容も判らず、想像でお答えしています。無報酬ですから、仮にお答えした内容に間違いがあっても責任は負いません。

そのような相手よりは、まずは、契約先の相手方にご相談すべきではないかと思います。また、契約後に何か、信頼を大きく損ねる事があったり、どうしても不安、、、という事でしたら、相応の報酬を支払い、設計事務所なり、ホームインスペクターなりに依頼された方が宜しいかと思いますよ。