漏れていたのが便所排水という事で、心情的な部分が大きいと思いますが、こればっかりは、いくら綺麗にしましたと申し上げても、嫌なものは嫌、、的なところがありますので、私からコメントしても仕方ないでしょう。よって技術的なお話だけ。

どんな掃除をされたのか判りませんが、洗浄するには、食品工場などで使う業務用洗剤がいいようです。そもそも、大小便ですから、「化学的」に汚染されたものではありません。あくまで生物的なものです。家庭用の化学的洗剤よりは広範囲に使うのに、安価で安全です。

汚染度合いの調査は、土壌汚染などを検査する会社でやって貰えますが、そもそも、土壌には山盛り、細菌やカビ菌が居ますので、結果を見て、むしろ無用な不安が大きくなるのではないでしょうか。

個人的に心配なのは、漏水で床下の湿度が上がり、構造木材に腐れなどが発生していないかです。これは、実際にホームインスペクターに床下調査して頂いて、木材の「含水率」を計ってもらってください。

修補費用などは、先方負担が当然と思いますが、損害賠償・慰謝料についてはそもそも損害額の証明（あなた様の心身の傷み具合の証明）をするのは、あなた様になります。経験上、相当厳しい交渉になろうかと思いますし、仮に成果があっても、想像以上に少ない額と思います。むしろ、弁護士費用などを考慮すると持ち出しになるのではないかと思います。それでも先方を懲らしめたい、、、という意味で、交渉したり、法的手続きをされる事に関しては、あなた様の判断次第かと思います。