>浴室点検口の蓋が閉まっている状態で、蓋と天井の隙間から僅かな隙間風が浴室内に入って来ています。

所詮は乗ってるだけのフタです。気密を取るだけの性能は期待できません。
浴室内で換気扇などを使用し負圧になっていると、当然のこと入ってくると考えられます。

>換気扇を止めると湿気が点検口内に入っていきそうで怖いです。

基本的な事として、浴室内が乾燥しないうちは、換気扇を止めないのが正解と考えます。
それ以外に、点検口から外に出る　＝　浴室内を正圧にする　ということですので、あえて浴室内を正圧にする・・・事が無ければ、それほど、目くじらを立てることではないのでは？と考えます。

>ちなみに家のコンセント、スイッチからも換気扇を回すと特に風を感じます。

最悪な場合を想定する事を許していただければ、こちらの方が、場所により、状況により問題視すべきかと思われます。
もしかしたら、詳細な検討、調査を考える事をおすすめしておきます。

>コンセントとスイッチに関しては、入居してすぐに気付き、HMに問い合わせましたが、風は入ってきますとの事でした。
>家中の大半の箇所で入ってきていると思います。

入ることが当たり前とは、考えません。
厳密には、外壁側の場合は、風が入ることは「気密不足」です。
内壁側でも、同じことが言えます。
ただ、気密不足が原因だとしても、致命的な事と、工法上の避けづらい事、比較的些細な事など、いろいろと考えられます。
いずれにしても、原因を探っておくに越したことは無いと思いますが、

もし、換気扇を運転する事で負圧になり、風を感じる程度であれば、致命的な事とは考える必要は無いと思われますが、コンセントにカバーを付けることで激減するのであれば、気持ちも含めて解決では無いでしょうか？

逆を返せば、換気扇を運転する事で、コンセントなどから吸わなければ給気されないほど隙間面積が少ないのかもしれません。

>我が家はいわゆるローコスト住宅と呼ばれている住宅なので、気密性は低いと思います。

ローコスト　イコール　安かろう悪かろう　とは考えませんが、抜ける所は抜いている。と考えるべきでしょう。
「どこを抜いているか？」です。

>原因を探るとはどのようにしたら良いのでしょうか。。
>HMに相談してこれが仕様だと言われそうです。

仕様ということばで済まされそうな気は私もします。
それでいい。そんなモノだ。　とは、決して言いませんが。

床下に潜れますか？
この時、土台と床根太の所、床根太と床板などに、隙間がありませんか？
要は、床下の空気が壁の空間に入り込む流れができていませんか？
間仕切り壁の部分などはてきめんかもしれません。
これが見つかった場合は、「気流止め」と呼ばれるグラスウールなどの施工が必要です。床部分と、小屋裏にも。
外壁面などの断熱がされている壁の場合、床と壁の取り合い、ここに気密層（ポリフィルムなど)が巻き込まれていない。重ねられていない。可能性があります。これは、非破壊で確認のしようは無いと思われます。
巾木と床をコーキングする。とか、何かの手立てを考える必要があるかもしれません。

たまにあるケースとして、寒いからと24時間換気システムの自然給気口を閉じてしまっているために、そういった隙間から代わりに外気を吸気してしまうということがあります。

自然給気口を閉じていないか、給気口のフィルターが目詰まり（掃除不足などで）していないかなども、一度確認すると良いかもしれません。
理屈としては、充分な自然給気口があれば、隙間よりもそれらから優先して給気されるということになります。

上記は、第三種換気システムの場合、ということになります。
見当違いな指摘かもしれませんが、ご参考までです。