ゴツゴツがどこまでのレベルかにもよるかと思うのですが、「通常しない、いつもしない」っていうのは後からはどうにでも言えることで、見積に入っている「下地調整」の費用が何に当たるのか？その費用が妥当なのかで、話が決まってくるかと思います。見積に入ってても何もしていなければ費用はかかりません。

ただ、直すのは張り替えるしかないと思うのですが、そこまでさせるほどのゴツゴツなのかという判断基準がないので難しいと思いました。誰がみてもこれはないでしょうというようなレベルなら、上にかけ合うなど理解のある人を探すしかありません。あとは契約時の事前説明がどれだけされていたかだと思います。

固い柔らかいというのはそういうことなのですね。直張りフローリングだと裏にクッション材があるため、どうしてもバウンドします。壁際や出入り口付近はそのクッション材を外して施工します。その違いでバウンドするしないの違いは出ることがあります。今回の場合はそのクッション材に不陸吸収もさせるように施工されているかもしれませんね。その動きでサネ鳴りが起こっていればサネを落としてしまっている可能性もあります。いずれにせよ、施工業者さんがどこまで対応してくれるのかですね。フローリングの製品がわかるのであれば、メーカーの施工要領などを元に交渉するしかなさそうです。