住宅での「中間検査」ですから、多分「フラット」か「かし担保保険」「建設性能評価」などの中間検査かと思いますが、決して「住宅全体」を検査する訳ではありません。それぞれの「業務範疇に規定されている部分」のみの検査となります。

私も性能評価員ではありますが、誤解を恐れず言えば、その資格講習では、「何か問題があっても、範疇外の事は、積極的に指摘しないように・・・」という遠まわしな指導を受けます。これは、警察の民事不介入と同じで、民事のトラブルに、「公的」機関が、巻き込まれないようにするために、ある程度は仕方ない事です。

中間検査が「確かか？」「確かでないか？」には「見なければならない部分に関しては確かです」という言い方しかできません。サイディングの厚さは、それぞれの検査項目には無いと思います。

本来は「設計者」と「施工者」と「監理者」が別の人間で、相互チェックすべきなのですが、ごりんちさんの場合、その全てが多分同じ人間なので、今回のような事態が発生してしまいます。

また、「その場で外壁を変更」したのが、誰の意志で、誰が承認を出したのか？が重要なポイントになります。

いただいた情報だけでは、「契約違反」かどうかのジャッジは出来ませんが、地元の建築士会などの窓口で、「図面や関係書類の読める第三者」にご相談なさっては如何でしょうか？

残念ながら、この場で、ごりんちさんからの一方的な少ない情報で、いろいろご意見申し上げても、ミスリードになる可能性もありますので、この程度でご勘弁下さい。