一般的なお話として。。。

＞瑕疵とインスペクションは別物なのですよね？

まず、インスペクションは単に「検査」という意味です。ですから空港の手荷物検査なんかも　Baggage inspection　と案内していますよね。

混乱しやすいのは、国が進めている不動産取引制度の一環としての住宅の検査を単に「インスペクション」と言い出し、それが、瑕疵保険の加入検査と内容がほぼ同じため、「瑕疵保険の加入検査」「宅建業法に定める既存住宅検査」が、「ホームインスペクション」と同一視されたからでしょうね。国の制度としての検査は、非常に限定的な箇所や内容をしらべるだけなので、建物の不具合を総合的に診る「インスペクション」とは異なる物です。

詳しくお知りになりたいのであれば、不肖、私が説明している動画がありますので、少々、専門的ですが、ご覧ください。
https://www.youtube.com/watch?v=D2Mqe59X3wM

瑕疵とは、「見えない傷」という意味で、これも、住宅に発生する不具合（世間一般で言う手抜き工事？）を全て「瑕疵」と理解されている方が多いのですが、それは違います。「瑕疵」かどうかは、相対的なもので、例えば10ｃｍの傷でも利害関係者相互が「それでもいいよ」となれば瑕疵ではありませんし、1ｃｍの傷でも時によっては瑕疵になります。

とはいえ、それでは、あまりにも判りにくいので、目安の数値として国交省が「住宅紛争処理の参考となるべき技術的基準」という判断基準を示していますが、これも、前段でご説明した通り、相対的な概念を少しでも絞り込むために、あくまで「目安」を示したもので、その文中では「瑕疵の可能性がある」とかの表現にとどまっており、例えば3ｃｍ以上の傷は瑕疵である。。。という事にはなっていません。

この辺がよく判っているインスペクターは、むやみに、「○○であるから瑕疵である」というような乱暴な言い方はしません。年一回の健康診断では「胸部レントゲンで影があるので、専門医での精密検査をお勧めします」というような言い方をしますね。。。あれと同じです。

＞瑕疵の調査の専門会社と言うのはあるのでしょうか

正確な言い方ですと、誰も「瑕疵である」とは断言できません。よって、瑕疵と断定する会社は存在しないか、あったとしたら、私は少々、そのスタンスに疑問を感じます。

ただ、今後、様々な交渉事にあたり、専門的な知見が必要であれば、「意見書」「見解書」という形で、原因の推測（あくまで推測です）をしてくださるインスペクターや建築士は居ます。

インスペクションの報告書は、あくまでも「レントゲン撮ってみたら影があったよ」という報告までの物です。

追記

個人情報の含まれている画像は削除された方が宜しいかと思います