土台と基礎は緊結することが建築基準法で定義されています。
しかしながら基礎パッキンと言われる、基礎と土台に隙間を開けて床下の通気を促す手法もあります。
本件は基礎パッキンでなく、単に仕事が粗いという範疇にみえます。
シーリングで埋め込む方法が簡単だと思われます。
さり気なく施工店に催促すべき事案です。