計算上25本必要なところを24本だったのか？24本で充分なところ1本余計に間違えたのか？厳密に言えば異なりますが、通常改良体の支持力計算上は、1.5倍〜2倍程度のゆとりをもって、改良体の本数を決定します。ですから、改良体が1本足りないからと言って、建物に決定的なダメージを与えるとは考え難いです。仮にそれで何か不都合が起きるようであれば、元々、計算に余裕無さすぎじゃね？？？という事です。

また、これも勘違いされている方が多いのですが（時としてプロも・・・（＾＾；；、、）改良体の位置とその上に乗る柱の位置には、原則、相関関係はありません。つまり、柱の位置がどこであろうと、むしろ改良体の位置がバランス良く配置されている方が重要です。奈良県という場所ですと、多分、ベタ基礎であろうと思いますし、柱との関係もあまり気にしなくてもいいのかな？と思います。

気になるようで、まだ、基礎打設前であれば、基礎用コンクリートかノロと呼ばれるコンクリートペーストでも穴に一緒に流し込んでもらってください。せいぜい1?程度、コンクリートボリュームが増える程度です。基礎打設後であっても場所によっては、流し込めるかもしれませんね。ただ、これはあくまで、、、「気休め」で、応力上は期待できません。無いよりはいいかも・・・。程度です。

この事（打ち忘れ）による「地盤保証」については、「地盤保証」会社の判断ですので、コメントを控えます。また、「湿気」に関しても、現地を拝見しておりませんので、ノーコメントとさせてください。

　穴を、穴のままおいておくことは、危険性があると思います。
構造云々ではなく、
基礎工事中などに、知らずに乗って足を落とす。とか、

　栃木さんの言われるように、「電車の後押し」的なモノですが、
生コンを流し込んでおいたら、いいのではないでしょうか？
　

竹沢さん、、フォローサンクスです。。すいません、、見落としていました。

とにかく、無用な穴は無いにこしたことはありません。砂利などですと、今後、雨水の浸水や地下水の揚水（ようは、、、井戸のような感じ）になる可能性がありそうですね。

そういった意味でも、コンクリートがいいのかもしれません。