写真がないので私も含め、アドバイザーの方々は、正確な回答に躊躇してしまいます。
木造での家づくりでは、何らかの経年変化が避けられません。
乾燥木材で含水量１５％前後と云われますが、二三年で１０％以下にまで乾燥し、当然ながら乾燥収縮いたします。
木材で家をつくるときの宿命でもあります。

当然ながらメンテナンスフォローを行わなければなりません。
構造的な問題はないと推察されますが、見た目の問題が残ります。
施工工務店を上手にその気させ、末永くメンテナンスフォローをして貰えるような人間関係の構築が必要です。
賢い施主の腕前ともいえそうです。