ぼくの経験上からの現場的な印象としては、まず排水経路などを設計者が設備屋に指示し、その通りに施工する、といった形よりも、設備屋自身が排水経路を考える、といったパターンの方が工務店などでは多いと思います。その中でも、事前にその作業をして確認申請図に落とし込むのか、それよりも全然後の方で、最悪現場で配管施工する際に設備屋が経路を考え施工するといったパターンもあり得ます。
その場合、これもぼくの経験からですが、完了検査にて図と現場で排水経路が変わっていても指摘されないことが大半です。特に民間確認検査機関では。地域性などもあるかもしれませんが、排水の最終マスの位置などが変わっていない限り変更をしてとも言われないことも多いです。
このようなことから、図面はとりあえずの経路で書いておいて、現場で考える。としていたのかもしれません。いずれにせよ、何かあった際の対処は設備屋にやらせるのだから、といった具合に。

もうひとつは施工内容として、ぼくの常識的な範囲内だと、洗面台と洗濯機は床下で一緒にしたとしても、浴室とトイレは分けたいですね。最悪、浴室も洗面に合わせたとしてもトイレは分けたいです。トイレも一緒というのは何か現場で理由があったのかもしれません。それはコスト的な面や手間なのかもしれませんし、工程的な事かもしれません。いずれにせよ、その理由がすぐ出てこないなら施主よりも現場的なメリットが大きい理由なのかもしれません。

是正方法について、現状の経路が本当に問題が出そうなのか否かだと思います。Tじでじょいんとされていたりするとつまりやすくなるのでその辺の工夫がされているかどうかなど。あとは点検のしやすさです。配管ジョイント部のが詰まりにくくまとまっていて、点検もしやすい位置にあるのであればいいのですが、点検口から遠くにそのような箇所が散らばっていると、コア抜きをして図面通りの施工にしてもらう方が良いかもしれません。