多くの基礎パッキンはアンカーボルトを貫通して設置されますので固定する必要はありません。
アンカーボルトの無い部分に設置する場合は,重量のかかる部分に設置しますが,土台の重さがかかるので釘で固定する必要はありません。
仮に,土台が乗った後も基礎パッキンがスルスル動く様であればそれは基礎パッキンの用をなしていません。
この場合は適当な厚みのスペーサー(隙間調整板)を挿入して,パッキンが確実に土台の重さを受け止めるように施工する必要があり,こうすることによって固定されます。
基礎パッキンに釘穴がある場合は仮止めのための物ですが,これが使われることはあまり無いように思います。
所定の場所に基礎パッキンを置いて,その後土台を乗せて,基礎パッキンが動かなければそれでOKです。