工事過程では、本件のような事象が生ずることも珍しくありません。
問題は、竣工時に完全乾燥となり、その乾燥状態を恒常的に保持し続けることです。
とにかく床下は、常に乾燥状態にしておかなければ直ぐに腐朽菌に侵される心配があります。
施工者は、承知の上で施工を進めていると思われますが、質問者も本回答を参考にされ、注意深く見守るべきと思われます。