ぼくの経験上、土台のアンカーの位置を土台の間柱欠きをよけて計画、施工したという経験はありません。間柱がしっかり留まれば問題はないと思います。強いて言えば、土台の締め付けの方で欠き込み底にスクリューナットが沈んでてほしいですが。

今はネダレスが主流のため、上端に欠きはあまりないと思います。浴室まわりなどに一部あるかもしれませんが。