ウッドデッキは長持ちさせたい場合は塗装をします。長持ちさせなくてもよければ塗装をしないという選択肢もあります。今回、部分的な塗装の剥がれに対して、短期保証外であるため有償になる。その結果、ご自分で直すという選択肢を提案されたのだと思います。
それ以後の体調の剣などはよくわかりませんが、溶剤系の塗料などは一般にも販売されております。そういった注意書きなどは読まれましたでしょうか？何でもご自分では調べず建設会社の言いなりになった結果の話なので、その結果について全てを建設会社の責任にするのはいかがなものかと思いました。

損害賠償を請求する場合は普通に建設会社へ請求をするだけで良いと思います。ただし、すぐにはいわかりましたとはならないかと思いますので、その際に本当に建設会社のせいなんだよっていう証明はご自分でしないといけません。その辺は建築トラブルというよりは建築に明るい弁護士さんへ相談する案件であると思います。

ぼくだったら、というところで言うと、お客様にDIYをお勧めする場合、まず人を見ます。極端な話、とても高齢なお客様に対してお勧めしてもできません。あとはできるだけ塗料は水性をお勧めするか、水性と溶剤系の違いを説明します。ただ、そうしなきゃならないと言ったルールはないので、何ともいえません。