徹底的にやるなら、どなたかにご紹介いただくなりして、弁護士さんにご相談すべきかと。

文面から推察するに、賃貸かな？と思いますが「契約無効、敷金返却、引越し費用の負担」は、相当に難しいと思いますし、おそらく、コスト倒れになろうかと思います。

今時珍しい相談ですね。
法的には、ｊｉｐｋｅｎさんのご指摘どうりです。　

分譲マンションならば理事会に話をあげて対応してもらってください。
理事会から、デベロッパーに改善を申し入れするのが正規の手順です。

賃貸なら直接大家さんにクレーム対応してもらう事項です。入居者がウォーターハンマーの音で退去したとなれば、当該マンションの欠陥となりますから、それなりの対応をしてもらえると思います。
他の部屋の方も同じようなトラブルで困っているならば、共同して対応してはいかがでしょうかん。
家主代理という方がどのような立場になるのか不明ですが、入居してから判明するトラブル・不具合はあるわけですから、「契約時には把握していなかったので責任はとりません」は、無責任な話ですね。

仲介の不動産会社には、重要事項の説明で「ウォーターハンマーの音が煩い」という説明がなかったという事で責任追及したらいかがでしょうか。

ウォーターハンマーの原因は、給水圧が高いことにあります。マンションの規模や給水システムが不明ですが、1階の水圧は最も高いです。
各住戸に減圧弁を取付けるだけで、ウォーターハンマーは解決します。工事費はそれほどかかりません。事業者側が対応してくれなかったら、自費で処置しては如何でしょう？地元の水道屋さんに相談してください。
勿論オーナーさんが対応してもそれほどの負担ではありません。