写真がアップできませんか？
その上で具体的に、どの部分が、どういう風になっていてほしい？あるいはどのようになっているのが気になる。等をお聞かせ願いますか？

>写真1、2枚目はアルミドア枠と角材の隙間を木薄板で調整している施工で
>問題ないかご意見をお聞きかせ願いたいと思います。

一度、ご自分でやってみていただきたいのですが、とりあえず、内側の巾で10ｃｍの角型に木枠を作ってください。それに10ｃｍの外寸の板を入れてみてください。
言いたいことは、わかるでしょうか？
ぴったりの寸法同士では、入らない。もしくは大変苦労をして入れることになります。当然,キズも付くでしょうね。
多少の寸法の差が必要なのは、わかっていただけるでしょうか？
また、別の見方をすれば、柱の間隔が900，909，910と、その会社、人により異なります。そこに、ドアを嵌めるとする場合、製品に細かく3種類の用意はしませんよね？当然、一番狭い所を基準にし、さらに数ミリのクリアランスをとります。それらにより、ドア枠と柱には薄板によるパッキンが必要と考えられます。

>写真3枚目は写真のようなL金具留めが正しい施工方法か
>知りたいと思っています。

その施工会社による、又は施工する大工さんによることではありますが、
化粧材である枠材を、少しでも見える部分をきれいなままで施工したいと考え、金物により施工と言うことは充分に考えられます。
おそらくですが、化粧枠のウラに金物をビス留めし、それを柱材に固定することで、化粧材の表面から「ビス打ち」とか、「穴を開けて固定し、キャップ止め」のような事を避けたのかと考えます。

1、2枚目の写真はおそらく何らかの理由でサッシを仮留めしている状態じゃないでしょうか。たぶんですが、2枚目の防水紙をめくった部分に見える構造用合板が足りなくてそれを待っている状態なのかも。薄ベニヤでわざわざふかして留めている理由はわかりませんが、留めてるビスも正規のものじゃなく石膏ボードを留めるコースレッドに見えますし、防水紙が張ってあるのにサッシ周りの防水テープがまだ施工されていません。なので仮留めかなと。もしこのまま施工が進むと防水テープを貼る際に凸凹すぎていいことはありません。聞いてみると良いと思います。
3枚目はらく枠という窓枠固定金具で一般的な施工です。足でまたぐような下枠に使われてなければ問題はないかと思いますよ。