床下の環境は、「乾燥」が第１条件です。
そのために、「床下換気口」をもうける事となっておりますし、機械換気によりそれを補充する事もある事ではあります。
見たところは床下はコンクリート土間になっていますが、実はコンクリートは当初は、湿気を大幅に放出してしまいます。

現在の床下の「湿度」の確認が必要と考えます。
もし、むっとする感じの湿気であれば、これほどのサビもうなずけます。（あくまで現在です）
乾燥している感じであれば、過去、コンクリートから発せられていた水分でしょう。

前者であれば、まず換気をする事を優先する事で、
たとえば、換気口が閉まっていないか？換気扇（があれば）が、止まっていないか？等を確認ください。それらが問題無いのであれば、換気不足として、換気口を作るとか、換気扇を増やすとか、扇風機を床下に入れて、強制的に空気を動かす。などの事が必要となるでしょう。
この場合は、一応ですが、配管の洩れなどを確認しておく必要もあるかも知れません。

当然、後者であれば一応の確認として年間通しての湿気を見る事をおすすめしますが、今後の錆の進展は無いと考えます。

おそらく工事中、基礎の中に水が溜まってしまっていたのかなと思います。その間に錆が多少ついてしまったが、現在は溜まっていた水も外に出したかして問題がありませんよ。という意味なのではと思います。あとは、床鳴りなどがしなければ良いと思うんですが、もし束が原因で床鳴りなどした場合は直す人が大変そうだなと思いました。その場合は束を交換しないといけないことがあるかもしれませんね。