１枚目の梁のカビですが、保管中に発生した腐朽菌だと思われます。
このカビはしだいに薄れて無くなると思われます。

2枚目のホゾ孔にアンカーボルトですが、ここままでは柱を建てこむことができません。特殊金物（アンカーボルト用の孔があり、ナットを締めるように空間を開け、上部に柱を受ける箱金物）を付ける必要があります。

3枚目の基礎と土台のズレ込みは、立ち上がり基礎部分に沿えコンクリートの打ち込みが必要です。
いずれも構造部材なので瑕疵担保責任範囲であり、施行者、設計者の法的責任を問う事ができます。
然るべき対応（上記を参考）をしっかりと要請すべきです。

空穴は埋めるに越したことはありません。
強度的にも埋めて貰いましょう。