>擁壁本体に悪影響はないと思っていますが、放置しておくと金属部から錆が擁壁の中の鉄筋に伝わってたりしないのか心配しています。

おそらくですが、このボルト・ナットと、内部の鉄筋との物理的なつながりは無いと考えます。
コンクリートのクラックなどがあり、それが何かの原因でひろがって・・・鉄筋に悪さを？ということでも無ければ、心配には及ばないと思われます。

>浸透系の錆止めを塗った後にモルタルでふさいでしまおうと思ってますが、止めておいたほうがよいでしょうか。錆で赤茶けていますが、このまま放置して擁壁に悪影響はないでしょうか。

あくまでも私感ですが、必要無いと考えます。
さらに言うと、あとから盛ったモルタルが数年後？十数年後？・・・ポップアップしてくる可能性を考えます。北海道であれば、翌年春には、モルタルが浮いていることでしょう。(前者と後者では原因が多少違いますが・・・）

福地様がおっしゃっているように、そのまま土に帰ると思います。
その時迄に、擁壁に土圧による膨らみが無いように、その他、注意して観察する必要があるのかな？というくらいでしょうか。(もちろんこれは、擁壁の金物のせいでなることではありません）