お写真が無いので判りませんが、経験上、防水紙の施工不備ですと、シミという美観上の問題ではなく、土台から内側(室内側)の水が廻り、土台や柱の足元廻りが腐っていたりします。
また、シミ(水の出口)があるという事は、入り口もある訳で、入り口を停め中ればなりません。

壁内の漏水の様子、床下侵入点検などができる、出来れば、サーモグラフィーの扱えるホームインスペクターに依頼されてはいかがですか？

https://www.jshi.org/

通気層工法は雨水が浸入した場合、それを壁体内や室内までは浸入しないようにしています。そういった意味では、外側に排出され、それが染みという結果になっているだけですから、正常といえば正常なのですが、全ての雨水が排出されているとも言い切れません。

家も人間と同じで、経年で、いろいろと状況が変わってくるのは当たり前です。数年前の健康診断で正常だったのに、今は症状がでているからといって、前回の健康診断を「見逃し」とは言わないですよね。。

錆汁が出ているので、壁の中のどこかで、釘に触れているのでしょう。その釘穴から壁内に染み込んでいる可能性はありそうですね。特殊な事例ではありません。

水が出ている、、というのは「結果」であって、どこかに「原因」があります。私はそちらの方が気になります。