>泥と水をどう吐き出そうか？住宅メーカーは送風して乾かすしかないとの事ですが、砂にしみ込んだ水は乾くものでしょうか？
>水害の場合匂いが気になる(今でも臭い)と思いますが、消毒した方がよいでしょうか？

私の数少ない経験の中で言えば、「送風・換気」で乾かすことしか無い。
という業者の考えは間違いでは無いと思えます。
乾くかどうか？ですが、通常、基礎の中は、各所の換気口から出入りする空気がスムーズに流れるように計画されていると考えるべきと思います。
一箇所あるいは2箇所から機械換気で送風し、その流れを考慮しつつ排気口を確保できれば、ほぼ、乾くかと思います。私の経験した物件は、ほぼ一週間、24時間送風しました。

消毒ですが、現状を確認する必要はあることですが、著しい汚れや匂いの場合を除き、アルコール噴霧で良いのでは？と考えました。もっと専門分野の方の回答があるかも知れません。

かなり昔に宍道湖が溢れて松江市が水没したことがありました。
その時は連日救援で作業しました。
少し前には三条水害のボランティアに通いました。
村上の水害は本当にお気の毒に思いました。
仕様表によるとベタ基礎ということですが,本当にベタ基礎でしょうか。
ベタ基礎の上に砂を敷くというケースがあるのは私は存じませんでした。
本来のベタ基礎であれば,コンクリートはむき出しで,白っぽい面が出ていて,目視で乾燥状態が分かるように思いました。
もしも本当にベタ基礎であれば,この機会に泥と砂を全て外に掻き出して,コンクリート面を露わにしてしまうのがベストかなと思いました。
もしも,スコップで掘ってみてどこまでも土であるなら土間基礎かと思われます。
スコップで掘る際には防湿シートを破らない様に注意して上の泥と砂を取り除いてください。
防湿シートの下も土である様ならそれは布基礎,つまり土間基礎です。
この場合の対処法としては生石灰を撒くといいと思います。
生石灰は水と反応して消石灰になりますが,その時にかなりの熱を発生させて水分が乾燥します。
ただ，危険性がありますので取り扱いには注意が必要です。
生石灰の入手が困難な場合は,消石灰でも良いでしょう。
消石灰の大袋を買って来て床下に満遍なく巻いておけば,消毒と臭いの防止になります。
行政が消石灰を配るところもあると思います。
消石灰は生石灰ほどの危険性はありませんが,目に入ったり,吸い込んだりしない様に注意して取り扱って下さい。
あと,消毒剤としては塩化ベンザルコニウムを薄めて使います。
これも行政が配るかもしれません。

実際にベタ基礎で間違い無いということでしょうか。
砂を掘り起こしてみないと分からない気もしますが,間違い無いということであれば,この機会に泥も砂も全て外に出してしまうのがいいと思います。
そうで無いと,床下の乾燥状態が分かりにくいと思います。
また大量の砂に含まれた湿気が抜けるのにかなりの時間が掛かるのも心配です。
砂の断熱効果は期待できませんので,無くても構わないでしょう。
防湿シートはベタ基礎の下に敷いてあるはずですが,建築業者に確認するといいですね。
もしかすると,防湿シートを敷き忘れたので,ベタ基礎の上にシートを敷いて砂で押さえたというわけでは無いと思いますが。
もしも,手間や費用が掛かるということであれば,泥だけを取り除いて,砂の上に消石灰を撒くだけでも良いと思います。
しかし,本当にベタ基礎がどうかは,一か所でも掘り起こして実際に目で確かめてみたいですね。

ベタ基礎の上に30センチメートルも土を乗せるというのは聞いたことがありませんでした。
本来はベタ基礎は白いコンクリートがむき出しになっていて,ベタの部分の様子が目視で観察できるのが利点だと思いました。
湿気ていないかとか,ひび割れが発生していないかとか。
まさか残土の捨て場にされたわけでは無いと思いますが,工務店の社長さんに尋ねてみてもいいかもしれませんね。
不思議に思ったのですが,束石の下はどうなっているのでしょうか。
そこも掘り返してみたくなりますね。
束石を積み重ねてあるのか,ベタ基礎の上の土の上に置いてあるだけなのか。
施工業者の社長さんは誠意のある人の様ですので,ベタ基礎の上の土をサービスで全て取り除いてもらえないか尋ねてみてもいいのかなと思いました。
硬い砂利や硬い土もありという言葉から,もしかして残土と疑ってしまいました。
熱海の土石流で話題となりましたが,残土の処理は今問題となっています。

とても不思議な工法ですね。
ベタ基礎とありましたが,もしかすると,既にあったコンクリートの盤面の上に土をかぶせて土間基礎と同じやり方で家を建てたわけではないでしょうね。
既にあったコンクリートの駐車場とか昔の軍用飛行場の跡の上に建てたとか。
土地の元の状態はご存知でしたか。
いずれにしても,写真で見た感じでは束石の設置方法では心もと無いので,建築業者の責任者と今後の対策について良く話し合ってみるのが大切かと思いました。
土を全て取り除いて,束石の周辺に型枠を置いて,コンクリートを流し込むとよいかもしれません。
ただ，束が下がってこない様に,工事中はプラ束などで,周囲を固定しておく必要があるかもしれません。
あるいは,ベタ基礎から直接,プラ束か鋼製束で束を支える方法も考えられます。
これなら高さの微調整が後からでもできるでしょう。
雨降って地固まると言いますが,これを機会にベタ基礎の面をむき出しにして,鋼製束の数を増やして束を支えてやれば,以前よりも床が頑丈な家にすることができるでしょう。

先の説明で「鋼製束の数を増やして束を支え」と書きましたが,「鋼製束の数を増やして大引きを支え」に訂正します。
間違った表現で申し訳ありませんでした。
今は木製束になっていますが,水害で濡れた木製束よりも鋼製束の方が安心できるように思いました。
あと,聞き忘れていましたが床下の断熱はどうなっていましたか。
グラスウールであれば対処する必要があります。