>私たちにとっては大金です。どうしても納得いきません。

たしかにその通りです。理解は出来るのですが・・・・

>・契約後にそういった工事費が増額されることはあるものですか？

住宅という物は、工場生産ではありません。そしてまた、同じ物を大量生産と言うことでもありません。
一品製作の物ですし、いろいろな現場別に個別の物です。全く同じ物は存在しないと言って良いでしょう。
そう言う意味では、増額も、減額もまた、あると思っていただいて正解と思います。現実にあります。

>・この変更は泣き寝入りしないとダメですか？

必ずしも、「泣き寝入り」でも無いと思います。限定されてしまった状況で、いかに良い物をとか、いかに見てくれの良い物を・・・とか、知恵を絞る。と、考えに変換出来ませんかね？先に言ったとおり、良い意味での「一品製作」「オーダーメイド」で、考えましょうよ。

>・こちらが建築会社にお願いできることとしては何がありますか？

業者としても、「忘れていた」「思いも寄らなかった」・・・いろいろな事があると思われます。そのたびに「駄目出し」では、話は進みません。
どこを退く代わりに、どこは妥協できない。
それをご夫婦で共通の認識として、事に当たる必要があるかも知れません。
業者と一緒に、出てきた問題にいかにして良い結論出せるか？
納得するべきボーダーラインはどこなのか？
かかる費用はかかるとして、掛けないで済む費用は無いのか？
ひたいを寄せ合って、「良い物を残す」方針で一致していただけると良いですね。