>新築上棟の日に垂木と合板の屋根じまい終わらず1ヶ月屋根と壁のシート養生もせずに雨ざらしでした

このこと自体は、責められるべきと考えられます。
一ヶ月間、養生もなしというのは、たしかに大きな落ち度と考えます。

>知り合いの工務店に見てもらったら2階の集成材の梁と1階2階の床の下地合板は交換して貰った方がいいと言われたので

知り合いの工務店の方＝無責任な第三者です。自分に「火の粉」は降りかかりはしません。当然、好き勝手な話はし放題でしょう。
してもらった方が良い。＝　私の落ち度なら必ずやる。　必ずしもそうではありません。
必要か否か？重要度は、もちろん「現場」を確認しなければ、ジャッジは出来ませんが・・・。

>施工業者を信じてくださいといい替えてくれません　

施工業者は敵視で、知り合いの工務店は味方でしょうか？
必ずしもですが・・・それらの方々の「言葉」の重さを同一には出来ませんか？
もちろん、工務店の味方をしろ。という気はありませんし、その意図もありません。

>この様な悪質な施工業者をどのように懲らしめたら良いでしょうか
>このまま野ざらししておいたら第二第三被害者が出るのも心配です。

「懲らしめる」つもりであれば、「出るところへ出る」のが最善ですし、一択でしょう。それが、おすすめとは言いませんし、それで解決するとは思いません。あなた様に「なにがしかの見返り」があるとも思われません。