>リビングの床が踏んではっきりとわかるくらいに、たわんでます。
>原因は床暖房で3ミリ程度の高低差は正常の範囲内と言われてますが、
>たわんでいる範囲が縦1メートル程度横30センチと広範囲にわたってます。

３ミリですか？私も大きめではありますが正常といわれる範囲内にあると考えます。
大工の世界では、天井は「真っ平ら」にはしません。少し「盛る」事をします。
それにより、多少「下がって見える」事を防止します。床は少し下げるか？といわれれば、そうとは限りませんが、天井の逆の施工はあり得ます。(人によりですが）
土台などを選定し使用するときには、木表を上にします。梁などは逆に木表は下です。最近はプレカットなどだったり、大工さんの墨付け・切り込みという工程がそもそも無かったりしますので、そうとは限りませんが、昔気質の方はこだわります。
どういうことかと言うと、「木表はより縮む」ので、土台は下に、梁は上にそれぞれ反ります。
結果、天井は盛り気味、床は下がり気味になるのです。
もう一つ、
大工の世界ですが、(今許されるか否か？ということは、あえて言わず）
「一分、二分は芸者の花」と言われます。
彼らの許容範囲は、三ミリから六ミリということなのです。

>床は正常の範囲内かどうかのチェックも含め、対応しないとのことですが、こうした不備には対応する義務はないのでしょうか？

お客様の感覚・感性等に左右される要素ではありますが、異常であれば、多かれ少なかれの対応はするべきでしょう。
正常か異常かのボーダーラインの時は、なかなか往生するでしょうね、お互いに。