お写真と今回のご質問の関連が？

>型枠脱型後、固定セパレートを折った後の処置は、通常どのような処置をされるのでしょうか？
>基本的に固定セパレートは折らずに残置されるものでしょうか？

　セパは、特別ナ事が無ければ、「そのまま」でしょう。
あるいは、折り取り、サビ止めを塗る。　くらいかと思います。
　あえて、Ｐコンなどを使用し、Ｐコンを除去後、「詰めモルタル」という場合もありますが、その場合は型枠組立の時迄に指定されるでしょう。
　折り取った後、表面にモルタルを塗ることが指定されている場合もありますね。

>そのままですと、錆が出てしまうので何か対策を取られるのでしょうか？

　表面にサビ止めを塗る場合がある。と言う程度です。
土の中になる。見える場所ではない。美観的に問題が無い。など以外は、Ｐコンを使用する場合があります。又は、折り取った後、表面にモルタルを塗ルわけです。

>因みに捨てコンクリートに設置されていた固定セパレートは折らずにそのままで錆びた状態でした。

　捨てコンであれば、そもそもがセパの使用？と言うことですし、土の中・・・でしょう？見せる部分ではまずあり得ない。美観に問題のある捨てコンは、通常はあり得ないでしょう？
　問題、心配、等々ないだろうと推測します。

補足ですが、美観以外にその錆が鉄筋などに移って構造的な心配をされているのかもしれません。鉄が酸化して錆びますが、コンクリートやモルタルはアルカリ製なので、包み込まれていれば錆びにくくなります。最終的に基礎表面をモルタルで化粧する分にはその部分は錆びにくいと思います。地中に関してはモルタルが塗られないと錆びると思います。その場合、錆びたことによってセパが膨張してコンクリートが爆裂しないかという心配になりますが、この種のセパは皆薄くできているので爆裂するほどの膨張はないと思います。一般的にコンクリート内の鉄筋はかぶりがとってありますし、セパは被りなく露出している部分がありますが、セパと鉄筋は接触することはないかと思うので、サビ移りの心配もないはずです。